Te lo explico yo, Hemsyt.
Si vas dibujando lo que has explicado en tu respuesta verás que en esos 3 segundos solamente el primer vagón ha salido del túnel, no todos. Por tanto te faltan otros dos segundos para que los vagones que están todavía dentro puedan salir. La pregunta es clara: "¿Cuanto tiempo, medido en segundos, tardará el tren en salir por completo del túnel?" Además si solamente consideráramos el tiempo que tarda en empezar a salir la respuesta serían 2 segundos, no 3.
Otro razonamiento para dar 3 segundos como respuesta podría ser pensar que a 1 m/s si el tren mide x metros entonces tardará x segundos en salir, independientemente de la longitud del túnel. Esto solo sería así si el instante t=0 fuera el instante en el que el tren empieza a salir del túnel. Pero la primera parte del problema establece t=0 justo cuando el tren está entrando en el tunel por tanto al caso anterior habrá que sumarle otros y segundos que tardará en recorrer los y metros que separan la entrada de la salida, a la velocidad de 1 m/s.